COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 3.164935 2.529498 2.580950
2020-09-13 17:00:00 2.984036 2.984036 2.555581
2020-09-12 17:00:00 2.654194 2.654194 2.531747
2020-09-11 17:00:00 2.630979 2.630979 2.484267
2020-09-10 17:00:00 2.763980 2.763980 2.451495
2020-09-09 17:00:00 2.274530 2.274530 2.407808
2020-09-08 17:00:00 2.364842 2.364842 2.384562

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 1.333333 0.109409 1.642872
2020-09-13 17:00:00 2.850539 2.850539 1.697570
2020-09-12 17:00:00 1.148225 1.148225 1.680894
2020-09-11 17:00:00 3.089144 3.089144 1.721395
2020-09-10 17:00:00 1.264368 1.264368 1.762471
2020-09-09 17:00:00 0.497018 0.497018 1.805680
2020-09-08 17:00:00 2.397260 1.453036 1.780622

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.935771
2020-09-13 17:00:00 0.833333 0.833333 1.003990
2020-09-12 17:00:00 0.606796 0.606796 1.033032
2020-09-11 17:00:00 1.957586 1.957586 1.058739
2020-09-10 17:00:00 0.903614 0.903614 1.067357
2020-09-09 17:00:00 2.055800 2.055800 1.051173
2020-09-08 17:00:00 1.054018 1.054018 1.026622

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 0.445104 0.221402 0.900164
2020-09-13 17:00:00 1.064639 1.064639 0.966747
2020-09-12 17:00:00 1.176471 1.176471 1.002380
2020-09-11 17:00:00 0.509879 1.083493 1.030843
2020-09-10 17:00:00 0.573477 0.573477 1.040563
2020-09-09 17:00:00 1.285521 1.285521 1.096430
2020-09-08 17:00:00 0.684932 0.684932 1.135974

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 4.164739 4.164739 2.934046
2020-09-13 17:00:00 3.276047 3.276047 2.896602
2020-09-12 17:00:00 2.118906 2.118906 2.851132
2020-09-11 17:00:00 2.076843 2.076843 2.878430
2020-09-10 17:00:00 2.988048 2.988048 2.927818
2020-09-09 17:00:00 3.420964 3.420964 2.927376
2020-09-08 17:00:00 4.373024 2.300667 2.899844

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 4.608128 2.633216 2.690105
2020-09-13 17:00:00 3.182020 3.182020 2.663952
2020-09-12 17:00:00 2.806589 2.806589 2.642522
2020-09-11 17:00:00 3.141145 3.141145 2.605623
2020-09-10 17:00:00 2.288330 2.288330 2.547673
2020-09-09 17:00:00 2.125193 2.125193 2.500374
2020-09-08 17:00:00 2.274377 2.274377 2.450174

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 0.886918 0.886918 3.580503
2020-09-13 17:00:00 4.554656 4.554656 3.594831
2020-09-12 17:00:00 4.529617 4.529617 3.455418
2020-09-11 17:00:00 3.195489 3.195489 3.372761
2020-09-10 17:00:00 4.401806 4.401806 3.266118
2020-09-09 17:00:00 3.882099 3.882099 3.099123
2020-09-08 17:00:00 2.097902 2.097902 2.930496

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 2.328573 2.065385 1.773209
2020-09-13 17:00:00 1.728932 1.728932 1.755188
2020-09-12 17:00:00 1.755777 1.755777 1.740398
2020-09-11 17:00:00 1.473077 1.473077 1.727290
2020-09-10 17:00:00 1.873779 1.873779 1.702516
2020-09-09 17:00:00 2.067580 2.067580 1.680108
2020-09-08 17:00:00 1.439732 1.439732 1.656384

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 12.172285 4.786451 6.213618
2020-09-13 17:00:00 10.143043 10.143043 6.428820
2020-09-12 17:00:00 7.865169 7.865169 6.197693
2020-09-11 17:00:00 5.470314 5.470314 6.071652
2020-09-10 17:00:00 8.056537 8.056537 5.776970
2020-09-09 17:00:00 3.920061 3.920061 5.572238
2020-09-08 17:00:00 4.298187 4.298187 5.330011

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 2.416860 4.853055 2.563645
2020-09-13 17:00:00 3.152510 3.152510 2.514468
2020-09-12 17:00:00 2.662575 2.662575 2.390794
2020-09-11 17:00:00 2.246111 2.246111 2.326574
2020-09-10 17:00:00 2.160494 2.160494 2.286519
2020-09-09 17:00:00 1.533591 1.533591 2.231722
2020-09-08 17:00:00 2.010833 2.010833 2.188769

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 5.000000 1.400382 3.268827
2020-09-13 17:00:00 4.229935 4.229935 3.197919
2020-09-12 17:00:00 3.529412 3.529412 3.089255
2020-09-11 17:00:00 5.086849 5.086849 2.999673
2020-09-10 17:00:00 4.854369 4.854369 2.874554
2020-09-09 17:00:00 2.294686 2.294686 2.744212
2020-09-08 17:00:00 2.008032 2.008032 2.594077

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 1.777778 1.777778 1.240465
2020-09-13 17:00:00 0.903614 0.903614 1.234609
2020-09-12 17:00:00 1.282051 1.282051 1.179394
2020-09-11 17:00:00 1.041667 1.041667 1.209424
2020-09-10 17:00:00 0.655022 0.655022 1.188166
2020-09-09 17:00:00 0.917431 0.917431 1.136997
2020-09-08 17:00:00 1.948052 1.948052 1.141073

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 1.666667 1.666667 2.454111
2020-09-13 17:00:00 5.141388 1.285347 2.466710
2020-09-12 17:00:00 3.205128 3.205128 2.506382
2020-09-11 17:00:00 4.718693 4.718693 2.504456
2020-09-10 17:00:00 3.412969 3.412969 2.427317
2020-09-09 17:00:00 2.087683 2.087683 2.366626
2020-09-08 17:00:00 0.921659 0.921659 2.368292

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 8.888889 8.888889 3.722867
2020-09-13 17:00:00 1.855670 1.855670 3.869503
2020-09-12 17:00:00 3.308271 3.308271 4.234793
2020-09-11 17:00:00 4.700162 4.700162 4.344552
2020-09-10 17:00:00 12.330827 3.383459 4.356969
2020-09-09 17:00:00 1.886792 1.886792 4.614616
2020-09-08 17:00:00 1.287554 1.287554 4.611716

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 3.434685 3.434685 3.209214
2020-09-13 17:00:00 2.871148 2.871148 3.110449
2020-09-12 17:00:00 5.201342 5.201342 3.039553
2020-09-11 17:00:00 3.149171 3.149171 2.986852
2020-09-10 17:00:00 3.828246 3.828246 2.930091
2020-09-09 17:00:00 4.037491 2.379236 2.869527
2020-09-08 17:00:00 1.838074 1.838074 2.788904

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 2.732975 2.732975 2.796559
2020-09-13 17:00:00 4.852071 4.852071 2.823371
2020-09-12 17:00:00 1.952724 1.952724 2.752547
2020-09-11 17:00:00 2.942232 2.942232 2.716313
2020-09-10 17:00:00 2.973662 2.973662 2.704295
2020-09-09 17:00:00 2.717848 2.717848 2.675301
2020-09-08 17:00:00 4.741379 2.420424 2.611504

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 5.056180 5.056180 3.925922
2020-09-13 17:00:00 3.510638 3.510638 3.827028
2020-09-12 17:00:00 3.377483 3.377483 3.767052
2020-09-11 17:00:00 3.387181 3.387181 3.741205
2020-09-10 17:00:00 3.839122 3.839122 3.656378
2020-09-09 17:00:00 4.148279 4.148279 3.653770
2020-09-08 17:00:00 4.018913 4.018913 3.603767

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 4.689755 4.689755 3.151728
2020-09-13 17:00:00 2.862506 2.862506 3.077877
2020-09-12 17:00:00 1.775626 1.775626 3.068506
2020-09-11 17:00:00 4.193548 4.193548 3.060221
2020-09-10 17:00:00 3.887055 3.887055 3.013073
2020-09-09 17:00:00 2.495948 2.495948 2.982644
2020-09-08 17:00:00 2.579060 2.579060 2.884453

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 2.549697 1.235214 2.030803
2020-09-13 17:00:00 1.944860 1.944860 2.051292
2020-09-12 17:00:00 3.055802 3.055802 2.029323
2020-09-11 17:00:00 2.937063 2.937063 2.002655
2020-09-10 17:00:00 1.840736 1.840736 1.979918
2020-09-09 17:00:00 1.627219 1.627219 1.933368
2020-09-08 17:00:00 1.401425 1.401425 1.888856

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 3.821656 1.432836 2.420662
2020-09-13 17:00:00 3.256445 3.256445 2.436589
2020-09-12 17:00:00 3.303303 3.303303 2.387177
2020-09-11 17:00:00 2.579666 2.579666 2.436363
2020-09-10 17:00:00 2.287893 2.287893 2.376157
2020-09-09 17:00:00 3.518124 3.518124 2.384326
2020-09-08 17:00:00 0.699301 0.699301 2.311057

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 14.285714 14.285714 3.124472
2020-09-13 17:00:00 1.739130 3.030303 2.824548
2020-09-12 17:00:00 1.785714 1.785714 2.564722
2020-09-11 17:00:00 8.333333 8.333333 2.495921
2020-09-10 17:00:00 0.000000 0.000000 2.533076
2020-09-09 17:00:00 0.000000 0.000000 2.462214
2020-09-08 17:00:00 6.493506 6.493506 2.274850

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-14 17:00:00 2.763819 1.267427 2.796500
2020-09-13 17:00:00 3.977591 3.977591 2.929454
2020-09-12 17:00:00 3.024326 3.024326 2.999983
2020-09-11 17:00:00 3.191293 3.191293 2.936881
2020-09-10 17:00:00 3.366926 3.366926 2.917248
2020-09-09 17:00:00 2.109900 2.109900 2.857585
2020-09-08 17:00:00 2.379334 2.379334 2.839547

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.333333 0.109409 1.642872
Basilicata 0.000000 0.000000 0.935771
Calabria 0.445104 0.221402 0.900164
Campania 4.164739 4.164739 2.934046
Emilia-Romagna 4.608128 2.633216 2.690105
Friuli Venezia Giulia 0.886918 0.886918 3.580503
Lazio 2.328573 2.065385 1.773209
Liguria 12.172285 4.786451 6.213618
Lombardia 2.416860 4.853055 2.563645
Marche 5.000000 1.400382 3.268827
Molise 1.777778 1.777778 1.240465
P.A. Bolzano 1.666667 1.666667 2.454111
P.A. Trento 8.888889 8.888889 3.722867
Piemonte 3.434685 3.434685 3.209214
Puglia 2.732975 2.732975 2.796559
Sardegna 5.056180 5.056180 3.925922
Sicilia 4.689755 4.689755 3.151728
Toscana 2.549697 1.235214 2.030803
Umbria 3.821656 1.432836 2.420662
Valle d'Aosta 14.285714 14.285714 3.124472
Veneto 2.763819 1.267427 2.796500
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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